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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

殷墟发现面积最大的西周遗址******

　　本报北京1月11日电（记者杨雪梅）10日，中国社会科学院考古研究所召开线下汇报会，在两天汇报的37项考古报告中，关于殷墟的新发现值得关注。2021年起，社科院考古所安阳工作队开展了商王陵及周边区域的考古勘探，两年的时间确认了围绕王陵区东、西二区的二条围沟为陵园的隍壕，同时在王陵区东南方向半扇形空白区域发现面积超过4万平方米的西周遗址，这是殷墟范围内发现的面积最大的西周遗址。

　　社科院考古所安阳工作队专家牛世山介绍，两条围沟围绕在王陵区外围，未见围沟与殷商墓葬、祭祀坑存在叠压或打破关系，只有晚期墓葬打破围沟和祭祀坑的现象，证明围沟早于西周早期。2022年，考古队分别在商王陵公园墙西南角外、商王陵公园内和商王陵公园内东墙外选4个地点发掘，发掘所见遗存包括商代晚期、西周、东汉、宋元等时期。

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）